ジャパンフラワーセレクションは、切花部門、鉢物部門、花壇苗・コンテナ苗等部門の３部門で構成しています。

切花部門・鉢物部門は花のイベントの際に開催され、審査と共に展示を行います（年間２〜３回）。

花壇苗部門は浜名湖ガーデンパーク（静岡県浜松市）の審査花壇で栽培試験を概ね１ヶ月以上行い、その栽培試験データを参考に、直接審査を行います。
天候等の影響で開花時期等が間に合わない場合などの品種は、次回審査会に持ち越して継続審査となります。

ジャパンフラワーセレクションに入賞した品種は花業界が自信をもって生活者へ推奨できる品種です